其时，康熙欲对平西王等三位藩王进行削藩，平西王吴三桂表面上遵旨，但却以安置官兵为由，向朝廷大肆索要粮饷银两，其数额之巨，乃是朝廷国库存银之数倍。

康熙大怒，令户部核算，然户部无法算出准确结果。康熙遂令牛顿重新计算，牛顿不负圣望，准确算出了平西王吴三桂所索物资之真实数据。并结合其所要物资种类、数量，判断出吴三桂水、步、骑兵规模，康熙大悦。

朝廷以牛顿计算结果降旨责问吴三桂，吴三桂无可抵赖，遂起兵谋反，号称清君侧，诛牛顿。一时间势不可挡，一举攻下南方十余省。

朝中诸臣大惊，不少人建议诛杀牛顿以与吴三桂议和，康熙却意志坚定，曰: 昔日晁错伏诛，可平七国之乱乎?

于是，康熙力排众议，聚兵与吴三桂决战，终平三藩之乱。

次年，牛顿升为户部侍郎。

考虑到牛顿身无军功，擢升太快恐百官不服，于是康熙特命牛顿为钦差，到东南沿海督战。

其时，施琅刚愎自用，认为牛顿乃书生而已。当时施琅与郑家军战法同出一源，火炮种类、战船造法也相同，因此数次海战，施琅均未占到便宜。

于是，牛顿在调研之后，根据当地气候水文条件，利用自身数学及物理知识，对战船外形加以整改，巧妙借助风力提升航船速度；通过抛物线计算精确调整船炮仰角，增大射程。

经过整改之后，施琅水师果然实力大增，半年之内便令郑经溃败。

牛顿回朝之后，百官对其再无非议。

又次年，索额图与沙俄议和不利，回京后他辩解说: 沙俄狡诈，以争议地带面积无法准确计算为由，多次推翻我朝之提议……康熙大怒，遂命牛顿前往勘定。

其时，牛顿之微积分学业已成熟，他将双方边界分解为若干段，并以不同函数图像进行模拟，用微积分准确计算其面积。沙俄惊其为天人，遂与之签订条约，从此北方边界方定。

牛顿归朝

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